Робота факультету з підготовки іноземних громадян організаційно структурована й забезпечується виконанням відповідних функціональних обов’язків декана факультету, заступників декана та інспекторів відповідних курсів.
Деканат – структурний підрозділ факультету, який виконує організаційні й контролюючі заходи щодо забезпечення навчального процесу.
Деканат факультету забезпечує та контролює умови дотримання та виконання іноземними студентами Правил внутрішнього розпорядку НФаУ.
До структури факультету входить Відділ паспортно-візової реєстрації, який здійснює дотримання дійсних нормативно-правових актів щодо перебування іноземних громадян на території України.
Відділ забезпечує паспортно-візовий контроль іноземного громадянина під час вступу до університету та студента під час навчання, оформлення реєстрації за місцем мешкання і статусу іноземного студента для перебування поза територією України.
До структури факультету також належать кафедри гуманітарних наук, фундаментальної та мовної підготовки, біологічної хімії, аптечної технології ліків і фармакології, з якими здійснюється плідна співпраця в напрямку отримання іноземними студентами необхідних знань та навичок.