Національний фармацевтичний університет є членом наступних міжнародних асоціацій та проєктів:
Велика Хартія Університетів (MagnaChartaUniversitatum)
Всеукраїнська мережа з визнання іноземних освітніх кваліфікацій
Ukrainian Recognition Network (UaReNet)