- Постанова Кабінету Міністрів України від 8 жовтня 1992 р. № 571 “Про створення Української фармацевтичної академії”
- Указ Президента України “Про статус Української фармацевтичної академії”
- Указ Президента України “Про Національний фармацевтичний університет”
- Розпорядження Кабінету Міністрів України від 18 січня 2003 р. № 16-р “Про реорганізацію Національної фармацевтичної академії в Національний фармацевтичний університет”
У 2004 р. – до 350-річчя міста Харкова та на честь 200-ліття заснування вищої фармацевтичної школи в Україні, благодійний фонд випускників НФаУ подарував університету архітектурно-скульптурну композицію «Фармація у віках», якій немає аналогів ні в нашій країні, ні за кордоном. До композиції входять бронзові фігури аптекаря, Панацеї, постаті студента і студентки на фоні земної кулі – “Молодість фармації”.
Скульптурний комплекс «Фармація у віках» (2004 р.)
2005-2006 н.р. був знаковим. На високому рівні проведені VI Національний з’їзд фармацевтів України, святкування 200-річчя започаткування підготовки фармацевтичних кадрів в Україні. Відбулася також презентація першого видання «Фармацевтичної енциклопедії».
У вересні 2010 р. Національний фармацевтичний університет за традицією приймав делегатів VII-го з’їзду фармацевтів України. Урочистості почалися з відкриття в стінах НФаУ Музею історії фармації та скульптурної композиції “Особистості фармації“. Ключовим програмним питанням з’їзду стало прийняття Етичного кодексу фармацевтичних працівників.
У 2015 р. –Ректор НФаУ В.П.Черних обраний академіком НАН України. У цьому ж році в університеті упроваджена система управління якістю , сертифікована на відповідність вимогам стандарту ISO 9001:2008.
Значними подіями 2016 р. для фармацевтичної спільноти України стали VIII Національний з’їзд фармацевтів (13-16 вересня) та VII Національний конгрес патофізіологів України з міжнародною участю «Патофізіологія і фармація: шляхи інтеграції» (5-7 жовтня), які відбулися в стінах НФаУ.
У 2017 р. відбулися перші в історії НФаУ вибори ректора. Університет очолила доктор фармацевтичних наук, професор, заслужений діяч науки та техніки України А.А. Котвіцька.
01 березня 2021 р. НФаУ отримав сертифікати Міжнародної організації із сертифікації (ISO) на відповідність вимогам стандартів ISO 14001:2015 та ISO 50001:2018, які підтверджують дію в університеті екологічного та енергетичного менеджменту.В університеті одночасно діє три стандарти ISO (системи управління якістю, еко- та енергоменеджменту). Система набула статусу Інтегрована система управління (ІСУ НФаУ).
У НФаУ шанують освітньо-наукові традиції й осіб, які зробили неоціненний внесок у еволюцію закладу – видатних українських вчених, завдяки яким Харків набув статусу фармацевтичної столиці.
В історії формування української фармацевтичної вищої школи ключовою постаттю є Микола Валяшко (1871-1955) – ідеолог, засновник і перший ректор.
