В роки незалежної України

У 1991 р. Харківський фармацевтичний інститут (ХФІ) одним із трьох перших вищих навчальних закладів із числа 900 вищих навчальних закладів СРСР отримав статус акредитованого на союзному рівні.

У 1992 р. ХФІ реорганізований в Українську фармацевтичну академію (УкрФА).

У 1994 р. УкрФА акредитована за найвищим IV рівнем акредитації.

У 1999 р. навчальний заклад набув статусу Національної фармацевтичної академії України.

У 2002 р. ВНЗ  реорганізований в  Національний фармацевтичний університет (НФаУ).

Згідно з рейтингом ЮНЕСКО з 200 кращих університетів держави Національний фармацевтичний університет має один з найвищих показників якості науково-педагогічного потенціалу – 91%. Серед медичних вищих навчальних закладів України НФаУ посідає 4-тє місце.